Imunoglobulín E má podobnú štruktúru ako ostatné imunoglobulíny. Každá molekula pozostáva z 2 ľahkých a 2 ťažkých reťazcov. Ťažké reťazce obsahujú variabilnú časť, ktorá je zodpovedná za antigénovú špecificitu. IgE patrí k protilátkam so selektívnou distribúciou podobne ako IgA. Časť je viazaná na mastocyty a časť je viazaná regionálne v respiračnom a tráviacom trakte alebo v uzlinách. B-bunky slizníc, za spolupráce regulačných lymfocytov T-CD4+, stimulujú tvorbu špecifického IgE. Pri kontakte antigénu so senzibilizovaným mastocytom sa bunky degranulujú a vyplavia sa mediátory. Imunoglobulíny triedy IgE hrajú veľký význam pri sprostredkovaní atopických reakcií, ktoré sa vyskytujú u senzitívnych jedincov vystavených účinkom alergénov. Približne polovica jedincov s alergickým zápalom nosovej sliznice alebo astmou má zvýšené hladiny IgE. Na druhej strane mnoho jedincov s alergiou a zvýšenými hladinami IgE špecifických alergénov má normálne hladiny celkového IgE. Normálne hodnoty nevylučujú alergické ochorenie.
