Pepsinogén pozostáva z jedného polypeptidového reťazca obsahujúceho 375 aminokyselín s priemernou molekulovou hmotnosťou 42 kDa. Pepsinogén I je syntetizovaný v hlavných bunkách žalúdka a v mukóznych bunkách krku, kým pepsinogén II je produkovaný nielen v hlavných bunkách žalúdka, mukóznych bunkách krku, ale aj v mukóznych bunkách dutiny žalúdka (antrum). Meranie pepsinogénu I a II je užitočným pomocníkom pri diagnostike atrofických gastritíd a rakoviny žalúdka.
Množstvo pepsinogénu I v sére menej ako 20 ng/ml je špecifické pre pacientov s atrofickou gastritítdov. Bolo pozorované, že čím je závažnosť poškodenia pri atrofickej gastritíde vyššia, tak tým je nižšie množstvo pepsinogénu I v sére. Nízke množstvo pepsinogénu I bolo nájdené aj u pacientov s rakovinou žalúdka. Pri nízkom množstve pepsinogénu I sa môže vylúčiť diagnóza dvanástnikových vredov. Kombinácia hypergastrinémie avysokého množstva pepsinogénu I silne naznačuje možnosť Zollinger-Ellison syndrómu.
PGI sa používa na stanovenie obsahu propepsínu I (PGI) v ľudskom sére. Používa sa hlavne na hodnotenie funkcie buniek žľazy vylučujúcich žalúdočnú kyselinu.
PG II sa používa na stanovenie obsahu propepsínu II (PGII) v ľudskom sére. Používa sa hlavne na hodnotenie žalúdočných mucinóznych lézií.
